As unidades orgânicas da PCIC compreendem unidades de apoio à investigação criminal e unidades de suporte.
São unidades de apoio à investigação criminal da PCIC:
- O Departamento Central de Investigação Criminal;
- O Departamento da INTERPOL;
- O Laboratório de Polícia Científica;
- O Departamento de Armamento e Segurança.
São unidades de suporte da PCIC:
- O Departamento de Apoio;
- O Departamento de Assessoria Jurídica e Relações Públicas;
- O Gabinete de Inspeção e Disciplina.